La sfârşitul secolului al XVIII‑lea sunt atestate în Bucureşti două protoierii, numite a „plăşii de sus” şi a „plăşii de jos”. Astfel, la 15 noiembrie 1792, mitropolitul Filaret II (1792‑1793) trimite poruncă protopopilor Stoica al plăşii de sus şi Nicolae al plăşii de jos să ridice din oraş bolnavii de ciumă. Hotarul dintre cele două protoieri era: Calea Moşilor până la Dâmboviţa şi, dincolo de Dâmboviţa, pe uliţa numită Podul Calicilor (Calea Rahovei de mai târziu), în sus pe Dealul Spirii până la marginea oraşului. Acest hotar, topografic vorbind, împărţea atunci Bucureştii în două. Parohiile din Protoieria II de astăzi făceau parte din ambele plăşi.

Nu se cunosc exact împrejurările, nici data când s‑a întemeiat aşezarea de pe Dâmboviţa. Cel mai vechi izvor scris cunoscut este hrisovul domnesc dat de Vlad Ţepeş la 20 septembrie 1459 în „cetatea Bucureşti” – de fapt un privilegiu de stăpânire asupra unor moşii acordat unor boieri olteni. Cu toate că, după acest document, se mai emit şi altele din „cetatea Bucureşti” – la 10 februarie 1461, 12 noiembrie 1463, 30 mai 1464 – oraşul este numit prima oară „cetatea de scaun Bucureşti” la 14 octombrie 1465. În a doua jumătate a secolului al XV‑lea, noua capitală a Ţării Româneşti ajunge să fie preferată celei vechi de la Târgovişte, domnul ţării locuind mai mult la Bucureşti.

Primele nume de protopopi bucureşteni apar în documente începând cu secolul al XVII‑lea, deşi aceştia au apărut odată cu zidirea primelor biserici în oraş. Astfel, Ioan preot şi protopop semnează ca martor actul din 23 aprilie 1631, prin care Despa, soţia lui Pană vistier, închină biserica zidită de bunicul ei, Giorma banul, în Bucureşti, Arhiepiscopiei de Pogoniana, un popa Paraschiv protopop semnează ca martor un document din 15 februarie 1677, prin care Toma judeţul cu cei 12 pârgari ai oraşului dau carte de întărire mănăstirii Sfântul Ioan pentru un loc de prăvălie în mahalaua Popa Manta, iar într‑un document din 4 august 1694, domnitorul Constantin Brâncoveanu întăreşte stolnicului Dănilă Neamţu stăpânirea unei case cu locul ei, „lângă terenul protopopului Theodor”.